A UJS é organizada em núcleos, direções municipais, direções estaduais e a direção nacional. Esta entidade tem direção estadual organizada em todas as Unidades da Federação. É conhecida por possuir trabalho de base no Movimento Estudantil, e de ser a maior força política do mesmo.
O principal fórum da UJS é o seu Congresso Nacional. Este delibera a executiva que irá guiar a UJS nos próximos dois anos, até que ocorra um novo congresso e a mesma seja mudada novamente. No último congresso nacional, o 15º de sua história, foi eleito presidente da entidade o ex-presidente da UEE/GO André Tokarski. Hoje a UJS defende o voto aos 16 anos, a não redução da maioridade penal, a solidariedade internacional, o respeito ao meio ambiente, os investimentos públicos na cultura, esportes, educação e saúde, a reforma agrária, o investimento de 50% do fundo do pré-sal na educação, dentre outras bandeiras do movimento social do país.
